楼主的图纸位置度存在严重的标注错误
图纸反映的是一个设计者的态度，图纸都不认真标注的话谈何保证精度呢
两道工序，0.03也是可以的，但是要用一面两销的话，销子的配合间隙一定要很小，双边0.01吧，这有对装夹提出很高要求，或者直接找正销子，多设几个坐标系。
我以前单位也是做螺杆式空压机的，这个箱体用卧加做没有问题，当然得用好点的机床，销孔用镗刀是对的，
楼主先去确认一下你们的机床精度以及水平等状况，然后把你们三坐标测量时的取点位置，坐标选择还有评定方法详细的记一下，三坐标俺也做过，很多做三坐标的人在测量同轴度时容易犯错，也可以试一下在机床上打表测量同轴度，
和机床的定位精度有关
形位公差及同轴度三坐标测量都不是问题，精度好点的都能满足要求，要加工这种零件，使用卧式高精坐标镗床很好搞定，如果有立式坐标镗，结合三坐标，也可以完成。如果使用卧式加工中心，可以配磨一组芯轴，利用Φ100，由于Φ200和Φ196孔都比较长，由于基准比较短，非常不好合格，可以将基准孔和Φ100精镗完，对Φ100或Φ140配芯轴，利用杠杆千分边找正芯轴母线，保证两孔同心，然后镗孔。还有，将设计基准和加工孔互换，现在的基准孔相对加工孔，孔长度比大，对同轴影响很大。
机床的精度很高，但由于你加工的孔和基准孔长度比达到6，三坐标计量时的放大误差非常大，你基准孔偏0.001，放大到你的加工孔，就达到0.006，可以尝试调换基准测量。
学习了
1.粗加工后安排时效。2.定位基准不能以小定大，以短定长，。3.装夹位置，力度很重要。